物馆内珍藏的水晶头骨进行了检测，头骨表面的详细分析显示在眼眶、牙齿和头盖骨附近有极细微旋转划痕，很明显这种切割打磨技术源自一种叫做;旋转轮;的珠宝加工设备，而古玛雅人并未掌握这种加工技术，这种工具在前哥伦布时代的美洲大陆上根本不存在。研究人员推断这些水晶头骨是在欧洲加工制造，其材料是巴西无色水晶。很可能是这些水晶头骨制造完成后以古玛雅阿芝台人的神秘遗物出售给收藏家，目前许多博物馆都取消了水晶头骨展示，对其来源产生置疑，认为它并不具备考古研究价值。